Eine biochemische Grundregel bildet das Prinzip der thermischen Unkrautvernichtung. Dabei denaturieren die meisten Eiweiße in der Pflanze ab ca. 42°C, wobei sich die Eiweißbestandteile im Unkraut so weit verändern, dass sie „ aufbrechen“ und damit ihre Funktion verlieren…. Die Pflanze stirbt ab.
Die erforderliche Hitze, welche in vielen Verfahren durch Gas oder Öl erzeugt wird, wird auch dem entsprechend unterschiedlich genutzt. Etwa wird das Unkraut mit einer Gasflamme oder indirekt über Wärmestrahlung oder Heisswasser. Neben Dampf und den bereits genannten Vernichtungsverfahren ist Heisswasser die einzigste chemiefreie Methode, welche eine sehr gute Tiefenwirkung besitzt.
Selbst wenn die Wurzel bei der ersten Behandlung nicht sofort abstirbt, wird sie jedoch nachhaltig geschwächt und bei nachfolgenden Anwendungen vernichtet. Bei einer frühzeitigen Heisswasserbehandlung kann auch das Aussamen der Pflanze verhindert werden und ein nochmaliges Heranwachsen im Folgejahr vermieden werden.